Oppilasmäärä kasvaa sodasta huolimatta
Oppilaiden heikentyneen terveydentilan lisäksi koulutyötä haittasi opettajapula, jota pahensi koulun oppilasmäärän kasvu. Lukuvuonna 1942–1943 keskikoulun aloitti ensi kertaa niin monta oppilasta, että kouluun oli perustettava rinnakkaisluokat I A ja I B. Rinnakkaisluokat perustettiin myös seuraavina sota-ajan lukuvuosina. Tämän seurauksena koulurakennus alkoi käydä ahtaaksi. Lukuvuodelle 1942–1943 koulu jo vuokrasi lisätiloja. Kasvava oppilasmäärä ja oikein hinnoiteltu lukukausimaksu, 600 markkaa (540 euroa), paransi koulun taloutta ja 1930-luvun velat ja lahjoitukset pystyttiin sotavuosina maksamaan takaisin korkoineen.
Oppilasmäärän kasvun lisäksi koulutyötä kehitettiin myös rakenteidensa ja sisältönsä osalta. Vuonna 1942 oppitunti lyhennettiin 45 minuutiksi. Vuonna 1943 suoritettiin koko maassa yhteislyseoluokkien uudelleen numerointi. Vuosina 1944–1946 pidetyissä ylioppilaskirjoituksissa pakollisina suoritettiin suomen kieli ja vieras kieli sekä vaihtoehtoisena matematiikka tai reaalikoe. Rauhan palattua matematiikan ja reaalikokeen vaihtoehtoisuus jäi voimaan, kun vuonna 1947 ylioppilastutkinnon edellytyksenä olleiden pakollisten aineiden määrä pudotettiin viidestä neljän. Uudistuksen voidaan katsoa jonkin verran heikentäneen matematiikan asemaa, sillä se oli ollut kaikille pakollinen vuodesta 1874 lähtien. Matemaattiselle linjalle matematiikka palasi pakolliseksi vuonna 1966.
Sota päättyi syksyllä 1944. Jatkosodan rintamille yhteislyseon oppilasta jäi 32. Rauhan palattua koulun oppilasmäärän kasvu jatkui entistä voimallisempana. Koulun käytössä olevat tilat eivät lisääntyneet oppilasmäärän kasvun tahdissa. Kauhajoen yhteislyseossa tilanahtaus ajoi ensimmäiset luokat vuorolukuun jo vuonna 1945. 1950-luvun alkuvuosiin mennessä koulu siirtyi kokonaisuudessaan kahteen vuoroon, jolloin A-luokat opiskelivat kello 9.00–15.35 ja B-luokat kello 13.45–18.40, jonka jälkeen oli vielä iltahartaus. Tilanahtauden lisäksi vuorolukuun pakotti jo sota-aikana alkanut opettajapula, joka säilyi koulutyön järjestelyjen haasteena aina 1970-luvulle saakka.
Kuviossa näkyvä oppilasmäärien notkahdus vuosina 1946–1948 aiheutuu siitä, että näinä vuosina poistettiin sodan vuoksi opintonsa keskeyttäneet koulun kirjoista.
Sota-aikana ja sotien jälkeen kiihtynyt oppilasmäärien kasvu aiheutui karjalaisen siirtoväen asuttamisen lisäksi asenteiden muuttumisesta. Koulutus alettiin nähdä yhä enemmän polkuna parempaan elintasoon. Maatalouden taantuessa kasvava ja kehittyvä teollisuus, kauppa ja hallinto tarvitsivat aikaisempaa enemmän ja paremmin koulutettua väkeä palvelukseensa.
Levä, Kimmo (2003): Yhteislyseon vuodet 1928–1975. Teoksessa Lakkia ja elämää varten. Kauhajoen yhteislyseo 1928 – Kauhajoen lukio 2003. Kauhajoki: Kauhajoen lukio. s. 26–27.